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最近几年我国新农合发展迅速，部分地区已经取得了不错的成果，在为这些成果感到欣慰的同时，通过对新农合制度的补偿制度和支付模式的分析，也发现存在一系列的问题。
补偿制度存在的问题
目前，我国的新农合以大病统筹为主，门诊兼顾。而在现实中，大病发生的概率相对较小，一般门诊发生频率高。对于大病还是门诊，也是一个两难选择。门诊关系到千家万户的切身利益，如果对其进行保障，受益面势必比较广泛，从而可以提高农民的积极性，而且也会在一定的程度上防范道德风险。
然而，新农合的宗旨是防止农民因病返贫，就是支持其保障大病的医疗费用。因为门诊的费用一般较低，而对于恶性肿瘤之类的大病，医药费动辄10万元以上，对于农民来说，无异于天文数字。而目前，对于数额较高的医疗费用，全国基本的补偿水平在50%左右，类似福建省的高补偿比例是比较少的，因此，农民实际要负担的医疗费用依旧高昂。所以，选择了大病统筹，从保障程度上来说，要想实现高保障，则需要花费较高，但是保障的人数有限，存在弊端。
并且，保大病的做法也会降低效率。因为有了保障，会降低预防疾病的谨慎性和积极性，产生重治疗、轻预防的现象。更为严重的是，农民可能小病不看，拖成大病再去治疗。这样一是浪费了基金的使用，二是对农民的健康也产生了不利影响。
如何解决补偿制度存在的上述问题？根据已经试点地区总结的成功经验，比如新农合开展较好的福建省实行了大小兼顾的制度，二者缺一不可，在保障深度和广度上，我们都应该兼顾好。
一方面，对门诊实行保障，可以起到宣传的效果，切实保障农民的利益，从而可以鼓励更多农民参与到新农合政策中来；此外，采取门诊保障，将在实际上对农民的生活产生影响，因为大病发生在一小部分人身上，而小病是很普遍的。
另一方面，加强大病的保障程度，如果对大病进行了保障，就应该将保障进行到底。我国目前农民的人均收入较低，只有高额医疗费用的报销比例在90%以上，才能解决医药费负担。
支付模式存在的不足
我国现在采用的仍然是第三方付费的方式，还没有完整的支付模式的设计。而支付模式的选择至关重要，关系到医疗制度能否控制基金的收支平衡以及补偿水平的提高。支付模式相对于补偿机制来说，是比较具体的实施层面。我国的支付模式目前存在以下三个主要缺陷。
缺陷之一，手续繁琐。以往，新农合的报销手续繁杂、周期长，很不便利。一般的医疗费用根据农民的门诊账户中的金额直接划除，对于金额较小的报销，可以直接划转，但是对于超过一定金额的，则需要审核考察，并且对于报销限定了期限，为出院后3个月。
缺陷之二，垫付。对于特殊病种，比如恶性肿瘤、结核病还有精神病、再生障碍性贫血、慢性肾功能衰竭透析、系统性红斑狼疮、血友病等，必须先由参合人垫付一切费用，医疗结束之后才能报销，而通常这些费用都是高昂的。
缺陷之三，按项目付费。目前采取的支付方式中，按项目付费占据了主导，现在全国大部分地区主要的住院费用仍然采用的是按照项目收费。而项目付费的方式缺乏对医疗行为的约束，违规行为频频发生。
改进建议
目前，我国在部分县市中，针对单一病种或者门诊总额已经开始采取预付制模式，这也将成为今后改革的方向。具体来说，预付模式又分为几种，包含按病种付费、人头付费以及总额预付等。总额预付是住院费用根据医疗机构的经验，实行总额预付款，按月分期支付，总量控制、超支支付、结余奖励。在门诊费用上，应该坚持检查、治疗和用药的合理性，严格控制费用，并且鼓励预防。
例如，厦门市在报销方面做得比较好，目前，在辖区内的乡镇卫生医疗机构及厦门第二医院集美及海沧分院建立了农村合作医疗信息化管理系统，专门开辟了“医保结算窗口”，参保农民只需出示身份证就可以直接结算，在出院的时候就可以获得报销、补偿。此举免除了既往人工赔付操作时效周期长带来的烦恼，同时通过电脑化管理也避免了不必要的差错出现。因此，厦门市的做法值得其他地方借鉴。
新农合也可以从目前国际上热门的小额保险上取经。印度的小额保险取得了有目共睹的骄人成绩，特别是卡纳塔克邦州的健康保险，不但投保率高，而且保障充分，成为该州最主要的健康险产品。具体实施中，投保人的年龄从出生婴儿到75岁的老人均可。保单一年有效，受益人需要提前支付保费，保费是每人120印度卢比每年（约合2.4美元），成年人和儿童的价格是一致的。对于一个5口之家，或者人口更多者，保费可以打个八五折，减少支付了15%。这种保障计划很大的一个特点是：保费不因年龄、健康状况以及任何变量而定。受益人不需要现金就可以在网点内的135家公立和私立医院进行治疗。
笔者认为，这其中有几点尤其值得我国借鉴。其一，根据一家人的人口数量进行折扣，便于推动全家购买，而且防范了一家中购买部分，生病时冒名顶替的现象；其二，不用现金就可以治疗，比我国的垫付制更加体贴，因为大额医疗费用的垫付对农民来说，也是难以承受的；其三，在医院的选择上，我国目前还区分本地和外地医院，补偿标准不一样，而印度是持类似智能IC卡，凭卡识别，不区分地理区域。
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